À la fois documentaire et film expérimental, Numéro deux se divise en deux principaux mouvements ; le premier présente Jean-Luc Godard lui-même, qui, au cours d'un long monologue, parle de lui, de son nouveau rapport au cinéma (notamment par l'utilisation de la vidéo) et des difficultés de son métier. Le second, construit en tableaux, est une analyse de la famille, et particulièrement d'une famille de classe moyenne située à Grenoble, son quotidien, et ce qu'il révèle. Sandrine, Pierre et leurs enfants sont filmés, à la manière d'une télé-réalité ou d'un documentaire, par des caméras intrusives et immobiles placées dans leur appartement.