Michael Clayton travaille dans un grand cabinet d’avocat new yorkais qui défend de puissantes multinationales. Mais Michael Clayton ne plaide pas : il est un arrangeur, un « fixer » qui trouve des parades plus ou moins honnêtes pour sortir les gros clients de son cabinet de tous leurs mauvais pas, y compris d’ordre privé. Lorsque l’un de ses confrères et amis devient quasi-fou en réunion et décide de dénoncer les agissements criminels d’un puissant groupe agrochimique, client de la firme, Michael ne comprend d’abord pas. Il faut le « suicide » (version officielle) de son copain pour que Michael entre également en sécession. Dès lors, sa vie est menacée.